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基因本体MCP服务器

一个全面的模型上下文协议服务器，用于访问基因本体数据，支持基于本体的分析、基因注释研究和功能富集研究。

  • by Augmented-Nature
  • JavaScript
  • 本地部署
  • 8 星标
  • 更新于
在 GitHub 查看 Augmented-Nature/GeneOntology-MCP-Server

使用说明

非官方基因本体MCP服务器

一个全面的模型上下文协议服务器，用于访问基因本体（GO）数据，使人工智能系统能够执行基于本体的分析、基因注释研究和功能丰富研究。

特性

  • 术语搜索和查找：按关键字、名称或定义搜索GO术语
  • 本体导航：探索术语之间的层次关系
  • 基因注释：访问基因和蛋白质的GO注释
  • 验证：验证GO标识符并检查术语是否存在
  • 统计：获取全面的本体统计数据和元数据

安装

npm install
npm run build

用法

作为MCP服务器

添加到MCP客户端配置中：

{
  "mcpServers": {
    "go-server": {
      "command": "node",
      "args": ["/path/to/go-server/build/index.js"]
    }
  }
}

可用工具

搜索术语

按关键字、名称或定义搜索基因本体术语。

{
  "query": "apoptosis",
  "ontology": "biological_process",
  "size": 10
}

get_go-term

获取特定GO术语的详细信息。

{
  "id": "GO:0006915"
}

validate_go_id

验证GO标识符格式并检查术语是否存在。

{
  "id": "GO:0008150"
}

get_ontology_stats

获取GO本体的统计数据（术语计数、最近更新）。

{
  "ontology": "all"
}

资源模板

  • go://term/{id} -完整的GO术语信息
  • go://annotations/{gene} -基因注释
  • go://search/{query} -搜索结果
  • go://hierarchy/{id} -术语层次关系

例子

搜索凋亡相关术语

# Using the search_go_terms tool
{
  "query": "apoptosis",
  "ontology": "biological_process",
  "size": 5,
  "include_obsolete": false
}

获取GO术语的详细信息

# Using the get_go_term tool
{
  "id": "GO:0006915"
}

验证GO标识符

# Using the validate_go_id tool
{
  "id": "GO:0008150"
}

数据源

此服务器与以下设备集成：

  • QuickGO API (https://www.ebi.ac.uk/QuickGO/)-主要数据源
  • GO联盟 (https://geneontology.org/)-官方基因本体论
  • 朋友 (http://amigo.geneontology.org/)-附加浏览界面

错误处理

该服务器包括全面的错误处理功能，用于：

  • GO标识符无效
  • 缺少术语
  • API超时
  • 网络错误
  • 请求格式错误

贡献

  1. 分叉存储库
  2. 创建要素分支
  3. 进行更改
  4. 如果适用，添加测试
  5. 提交拉取请求

引用

如果您在研究或出版物中使用此项目，请按如下方式引用：

author = {Moudather Chelbi},
title = {GeneOntology MCP Server},
year = {2025},
howpublished = {https://github.com/Augmented-Nature/GeneOntology-MCP-Server},
note = {Accessed: 2025-06-29}

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