OSDR数据代理分析工具

🧠 OSDR MCP服务器+代理

此仓库演示了如何将MCP代理与自定义工具集成，以与NASA的开放科学数据存储库（OSDR）进行交互。它包括使用模型上下文协议（MCP）获取、分析和总结生物数据的代理工作流的工作示例。

📦 里面是什么

osdr_mcp/

自定义MCP服务器公开用于与OSDR数据交互的工具：

• osdr_fetch_metadata：获取给定OSDR数据集的元数据
• osdr_find_by_organism：按生物体过滤研究
• 其他工具（如RNA分析） osdr_viz_tools

first_example/

一个使用两个官方MCP服务器的简单代理：

• mcp-server-fetch （无头浏览器）
• mcp-server-filesystem

此代理收集信息并生成推特大小的摘要。

second_example/

类似于 first_example 但连接到 定制 MCP服务器定义于 osdr_mcp/main_simple.py.演示如何插入特定于域的工具，如OSDR元数据获取器。

third_example/

完整的多代理工作流程：

1. 提取代理 –抓取OSD研究元数据
2. 定量分析代理 –下载RNA计数数据并创建条形图
3. 摘要编写代理 –生成总结分析的降价报告

使用自定义MCP服务器：

• osdr_data_fetch
• osdr_viz_tools

⚙️ 配置

这 cp_agent.config.yaml 文件控件：

• LLM后端（例如Ollama、OpenAI）
• MCP服务器连接
• 工具可用性
• 系统提示/元数据

🚀 入门指南

1. 克隆此仓库
2. 安装依赖项：
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   pip install -r requirements.txt
   

3. 举个例子：
   复制

   python first_example/main.py
   

或者直接启动MCP服务器：

python osdr_mcp/main_simple.py

🧩 集成说明

这种架构是为了灵活性而构建的。您可以在文档问答、RAG搜索或自定义分析工具之间切换。模式切换或UI切换是面向用户集成的理想选择。通过MCP支持基于Milvus的RAG已在路线图上。

📚 资源

• 模型上下文协议
• NASA OSDR API